Activités de recherche

Caractériser la biodiversité des collections, de la taxonomie aux activités biologiques.

Le CIRM est engagé dans des projets de recherche pour évaluer la biodiversité de ses collections et les potentiels enzymatiques, métaboliques ou biologiques associés. Ces objectifs requièrent un effort de séquençage systématique des génomes et de caractérisation phénotypique faisant appel à des dispositifs de criblage automatisés. Il participe également à l'exploration de la biodiversité microbienne présente dans les environnements d'intérêt agronomique et environnemental.

• Génomique : Taxonomie / phylogénomique / recherche de gènes et potentiel enzymatique / profilage métabolique / déréplication / Ensemble de souches de référence
• Métabolisme – Activité enzymatique :  Métabolisme des oligosaccharides  / production de vitamines, d’exopolysaccharides, de composés aromatiques / activités cellulolytique / dégradation de polluants d'origine industrielle
• Activité biologique  Activité antifongique / production de bactériocines / profils de résistance aux antibiotiques selon les procédures EUCAST/CASFM / propriétés anti-inflammatoires.

Publications récentes :

• Bechara, P., Rué, O., Arnould, L., El Rammouz, R., Nakhoul, P.A., Sicard, D., Legras, J.-L., Ayoub, M.-J., 2026. High-sugar driven microbial dynamics in spontaneous fermentations of Lebanese cooked wines. International Journal of Food Microbiology 456, 111809. https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2026.111809
• Kulakauskas, S., Sadovskaya, I., Vinogradov, E., Maes, E., Quénée, P., Alfonsi, L., Courtin, P., Chuat, V., Valence, F., André, G., Péchoux, C., Oliveira-Correia, L., Henry, C., Renault, P., Chapot-Chartier, M.-P., 2026. Switching cell wall-bound polysaccharides to secreted polysaccharides in lactobacilli. Carbohydrate Polymers 380, 125030. https://doi.org/10.1016/j.carbpol.2026.125030
• Coelho, C., Willane, C.T., Dakhchich, I., El Jalil, M.H., Humblot, C., Gerber, P., Valence, F., Christieans, S., Jenvrin, C.L., Rios, L., Poix, C., Chassard, C., Papademas, P., Tsakalidou, E., 2026a. CONTRASTING FERMENTATION PRACTICES AND TYPOLOGIES OF FERMENTED FOODS BETWEEN FRANCE AND AFRICAN COUNTRIES – A CROSS-CULTURAL PERSPECTIVE FROM THE PIMENTO INITIATIVE. Fermented Foods 100010. https://doi.org/10.1016/j.ferfo.2026.100010
• Guillon, D., Verzeaux, L., Azadiguian, G., Grondin, C., Minet, P., Poisson, C., Marchand, L., Le Guillou, M., Aymard, E., Closs, B., Black, A.F., Tran, C., 2026. Isolation and characterization of Aureobasidium pullulans from rose rhizosphere: A novel source for skin benefits. Intern J of Cosmetic Sci 48, 456–466. https://doi.org/10.1111/ics.70049